Delimitato dal lago Trasimeno ad ovest e dal Torrente Caina ad est, il territorio magionese vanta un passato millenario, risalente addirittura alla preistoria. I dati archeologici di cui si dispone indicano come comparto di prima antropizzazione quello a ridosso del lago, colmo di risorse essenziali alla sussistenza di coloro i quali per primi vi "abitarono”. In termini generali, la presenza umana nel distretto lacustre è certa almeno dal Paleolitico medio, tra i 120.000 e i 36.000 anni fa circa: a quest’epoca, infatti, risale una piccolissima quanto straordinaria statuetta acefala in steatite (meglio conosciuta come "Venere del Trasimeno”), rinvenuta proprio in area lacustre e ora conservata a Firenze. Tuttavia i ritrovamenti relativi a queste fasi più remote, non vanno oltre la sporadicità, rendendo difficile una sintesi delle dinamiche di un popolamento che comunque deve essersi verificato; diverso il discorso per i periodi più recenti della fase pre-protostorica, in cui – almeno per il territorio di Magione – la quantità di materiale e le circostanze di scoperta permettono ragionamenti di più ampio respiro.
Il più antico stanziamento fisso documentato in territorio magionese va fatto risalire all’età del Rame (III millennio a.C. circa): trattasi di un abitato spondale da collocare nell’area di Monte del Lago, dove anni fa vennero alla luce frammenti di legno, di vasellame in terracotta ad impasto ed un’accettina in serpentino. Non è improbabile che questo piccolo abitato facesse parte di un sistema insediativo organico, seppure di piccolissima entità, votato allo sfruttamento delle risorse lacustri; non si conoscono altre realtà coeve nei dintorni, ma il fatto che Isola Polvese risulti abitata in maniera continuativa almeno a partire dal Paleolitico-Neolitico, lascia aperte riflessioni in tal senso, sia per l’epoca specifica che per i periodi precedenti e posteriori.
Per il comprensorio del Trasimeno è certamente l’età del Bronzo (fine III-II millennio a.C. circa), ad aver restituito le tracce più evidenti, riconducibili a necropoli, abitati, ad attività di sussistenza e persino rituali e religiose. Per quanto riguarda il territorio magionese, ai numerosi materiali e strumenti da pesca risultanti dai dragaggi dei fondali prospicienti le rive del lago, vanno sommati gli importantissimi dati emersi nella zona degli emissari di San Savino: qui è ormai certa la presenza di un insediamento databile alla media età del Bronzo, con successive fasi di occupazione sino all’età del Bronzo finale (XVII – XI/X secolo a.C.). Coincidente con l’abbandono di quest’ultimo insediamento, è la nascita di un abitato spondale presso San Feliciano, i cui resti, databili all’epoca villanoviana (età del Ferro, IX-VIII sec. a.C.), sono stati portati alla luce pochi anni fa: chi vi abitava, come suggerito dai reperti rinvenuti nel sito, doveva praticare non solo la pesca, ma anche l’allevamento e l’agricoltura.
Nel periodo immediatamente successivo, definito "orientalizzante”, i dati a nostra disposizione vanno a rarefarsi. Ciò nonostante questo sia un momento storico di fondamentale importanza, segnato in tutto il comparto centro-occidentale dell’Italia dall’emergere dell’aristocrazia etrusca vera e propria, con decisive conseguenze in termini di formazione urbana e organizzazione dei domini territoriali. A questa fase, che inizia alla fine dell’VIII secolo a.C. coprendo tutto il secolo successivo fino ai primissimi decenni del VI, sono riconducibili soltanto alcuni frammenti di ceramica rinvenuti a Monte del Lago e pochi reperti da San Feliciano. La distribuzione dei rinvenimenti è tuttavia conforme ad una tendenza che è propria dell’archeologia preistorica e protostorica del Trasimeno, dove tutti i reperti, siano essi quantitativamente ingenti oppure sporadici, si concentrano presso le sponde del lago: ancora in età Orientalizzante, epoca in cui di fatto nasce il mondo etrusco, l’entroterra magionese ricopre un ruolo alquanto marginale, almeno rispetto all’area perilacustre.
Alcuni materiali preistorici e protostorici provenienti dal Trasimeno in generale sono oggi esposti al Museo della Pesca di San Feliciano e al Museo Archeologico Nazionale dell’Umbria, a Perugia; interessanti informazioni relative al più antico popolamento dell’area lacustre sono poi fornite nella pannellistica dell’Antiquarium di Corciano.